小太郎を恨む岩永仁(賀来賢人)の企みで名刀・村正を盗んだ容疑をかけられた小太郎は、サムライ小太郎に乗り移られ刀を持ったまま逃走してしまう
そして小太郎の体からサムライ小太郎の魂が抜け出し、二人の小太郎が対峙!
サムライ小太郎は小太郎を嵌めようとした岩永と父の岩永浩三(石黒賢)の偽りを暴くため、そして、子孫である小太郎と話をするために刀を持って逃げたのだった・・・
サムライ小太郎は、「義を通せば、誇りは取り戻せる」と、学校の教室に立てこもる。
そんな中、あい(杏)は避難ばしごを使って小太郎のもとに乗り込み、サムライ小太郎を小太郎から引き離すために抱きつく

